阅读软件包文档决定是否某几个环境变量需要设置(在 .bashrc 或 .cshrc 里) ，以及如果
.Xdefaults 和 .Xresources 文件需要定制。
可能有一个应用程序默认文件，在最初发布的 Xfoo 里，一般叫做 Xfoo.ad。 假如是这样，编辑 Xfoo.ad 为你的机器定制，以 root 身份重命名(mv) Xfoo 并安装它到 /usr/lib/X11/app-defaults 目录。不这样着可能会使软件运行异常而失败或更本不能运行。
大部分的软件包有一个或更多的 man pages 。作为 root 拷贝 Xfoo.man 文件到适当的目录 /usr/man, /usr/local/man, 或 /usr/X11R6/man (man1 - man9)，并因此重命名它。一个例子，如果 Xfoo.man 最后在 /usr/man/man4 目录，它应该被重命名为 Xfoo.4 (mv Xfoo.man Xfoo.4)。按照惯例，man1 是使用命令，游戏在 man6 ，管理工具在 man8 (查看man 文档获取更多细节) ，当然，如果你愿意也可以在你的系统上不按照这个规定做。
一些软件包不安装二进制到合适的目录里，它们在 Makefile 里没用install 选项。你应该以 root 身份手动拷贝二进制到合适的系统目录， /usr/bin, /usr/local/bin 或 /usr/X11R6/bin 。当然，注意 /usr/local/bin 是二进制首选的目录，这不是 Linux 发行版的最佳安装部分。
一些或所有上述程序，在大部分案例，应该是用make install, 来自动操作，并尽可能用 make install.man
或 make install_man. 如果这样，请阅读 README 或 INSTALL
文档将详细说明这个情况。